A mai település első írásos említése „Scheuden“ néven 1156-ból származik. 1242-ben tatárok foglalták el, kivonulásuk után IV. Béla király szlovák és német telepeseket hívott a községbe. Mintegy 40-50 német család érkezett, és a község ezzel két részre szakadt (Ungarica Villa Sceudin, Theutonica Villa Sceudin). Ezek tulajdonképpen a máig használatos Magyarszőgyén és Németszőgyén elnevezések, bár a község 1944. január 1-jén egyesült. Az egyesített község neve Szőgyén lett.
A régészeti kutatások eredményei bebizonyították, hogy ez a terület már a kőkorszak elején lakott volt. Az első ásatásokat a Busahegyen végezték, amely a legjelentősebb lelőhellyé vált, több ezer éves kőszerszámokra bukkantak ezen a helyen. Feltárták egy település maradványait is, az i.e. 4. évezredből. Ezután a Busahegy elnéptelenedett, de az i.e.3. évezred derekán két újabb településnek adott otthont. Az első ismert itt élő népcsoportot a kelták alkották, akik az i.e.4. évezredben érkeztek. Az i.e.1. évezredben a terület a Római Birodalomhoz tartozott. Az i.sz.5. században megjelentek a hunok, akiket a mai magyarok elődjének tarthatunk. Őket az avarok, majd a 8. században a szláv morvák követték, akik már mezőgazdasággal foglalkoztak. A magyarok a 9. század végén érkeztek és Duna mindkét partján telepedtek le.
A török háborúk idején Szőgyén stratégiailag rendkívül fontos település volt. Ennek bizonyítéka, hogy – az érsekújvári védelmi rendszer részeként – sánccal körülvett palánkvár épült itt. A törökök távozása után az országban rendfenntartó csoportokat szerveztek, 1696-ban Szőgyénben is megalakult egy ilyen egység. 1703-ban kitört a Habsburg-ellenes Rákóczi –féle szabadságharc, amelynek során Rákóczi katonái – a kurucok- Szőgyént is elfoglalták. A harcok 1710-ben értek véget, ám még ebben az évben újabb ellenség jelentkezett: a pestis. Szőgyénben is egész családok estek áldozatául, és a lakosság száma drasztikusan csökkent. Mária Terézia úrbéri rendeletének értelmében 1768-ban vagyonösszeírás céljából bizottság érkezett Szőgyénbe. Az általa készített jegyzőkönyvből tudjuk, hogy Magyarszőgyénben és Németszőgyénben akkor összesen 330 család élt (174 illetve 159), amelynek 4533 katasztrális hold területen gazdálkodtak és rétjeik évente 428 szekér szénát adtak.
Az 1848-as forradalom eszméi Szőgyénben is lelkes fogadtatásra találtak. Május 16-án alakult meg a helyi nemzetőrség, amelynek kapitányává Pathó Pált választották.
A századfordulón azonban Szőgyén lakóinak száma folyamatosan növekedni kezdett. Ekkor merült fel először a két község egyesítésének gondolata is. Legfőbb támogatója Csongrády Gyula jegyző volt, aki közös névnek Szőgyént javasolta, amit a németszőgyéniek is támogattak, a magyarszőgyéniek viszont saját falujuk nevét szerették volna megőrizni.
A trianoni békeszerződés aláírása után (1920) Szőgyén Csehszlovákiához került, ami meghatározta további történelmét. Kezdtek kiépülni az új állam hatósági szervei, ez azonban nagyon lassú folyamat volt. Az elcsatolt területeken, tehát Szőgyénben is egészen 1938-ig magyart használták hivatalos nyelvként. 1927. február 28-án megalakult a Szőgyéni Ipartestület majd 1935-ben mintegy 20 fiatal részvételével megalakult a cserkészcsapat. Ekkor már önkéntes színjátszó kör is működött a községben, amelynek előadásai ünnepnapot jelentettek. Ezek tulajdonképpen a kulturális élet formálódásának kezdetei voltak, és nemcsak szórakoztatták a lakosságot, hanem anyanyelvének ápolásában is segítettek. 1936-ban új, korszerű téglaépületet emeltek a falu központjában, amely szintén a Gazdakör nevet kapta. Főleg ősszel és télen itt jöttek össze az emberek, hogy előadásokat hallgassanak az új termesztési módszerekről. Az 1938-as év ismét mélyreható társadalmi változásokat hozott. Szlovákia többnyire magyarok lakta déli területeit november 2-án Magyarországhoz csatolták. Gazdasági téren szinte semmilyen törés nem következett be, az emberek gyorsan megszokták az új körülményeket, a község agrárjellege sem változott. Ebben az időszakban került ismét napirendre a község egyesítésének kérdése is. Az ellentétek fokozatosan elcsitultak, és 1943-ban mindkét község önkormányzata elfogadta a javaslatot.
Eközben már tombolt a második világháború. A községben, illetve környékén azonban csak 1944-ben kezdődtek a harcok, de ettől kezdve a csapatok átvonulása többé-kevésbé rendszeressé vált. Az 1945. január 6-án indított nagyszabású szovjet offenzíva Szőgyént is elérte. Február 17-én a németek ellentámadást indítottak, és Szőgyén környékén az eddigi legsúlyosabb harcok bontakoztak ki. Az átfogó szovjet offenzíva végleg visszaszorította a németeket, akik azonban szó szerint az utolsó pillanatokban még elkövettek két barbár cselekedetet: felrobbantották a község mindkét templomát. A Szent Mihály – templom teljesen rombadőlt, a másik, a falu közepén álló Nagyboldogasszony – templom súlyos károsodást szenvedett. 1945.május 9-én Szőgyénbe is eljutott a háború befejezésének híre.
További szomorú dátum volt 1946. november 19-e, amikor – munkaerő-toborzás címén – megkezdődött a dél-szlovákiai magyarok Csehországba, az ún. Szudéta – vidékre történő deportálása. Szőgyénből összesen mintegy 120 személyt telepítettek át az elnéptelenedett cseh országrészbe. Magyarország és Csehszlovákia eközben aláírta a lakosságcseréről szóló egyezményt. Szőgyénben eredetileg 240 család került az áttelepítendők listájára, de az akció itt csak 1948-ban kezdődött. Arra nézve, hány családot telepítettek ki véglegesen, nincsenek megbízható adatok. Számuk 106-135-re, a kitelepített személyeké mintegy 400-ra tehető. 1948 februárjában Csehszlovákiában a komunista párt került hatalomra, meghirdetve a szocializmus építésének programját.. Szőgyénben – ahol a lakosság száma ekkor meghaladta a 3500-at – 1950-ben alakult meg a helyi nemzeti bizottság. A politikai fordulat után nyomban kezdetét vette a mezőgazdaság kollektivizálása is. Szőgyénben 1949-ben alakult meg az egységes földműves szövetkezet.
Külön fejezetben kell tárgyalnunk a község alapiskoláinak történetét. Itt az 1827-es év számított az első jelentős mérföldkőnek, amikor új iskola épült öt tanteremmel és kántortanítói lakással. 1868-ban Csongrády Gyula jegyző bátyja, Lajos került a főtanítói és kántori székbe. 1904-ben új, nagyobb iskola épült 8 tanteremmel, ez volt a falu első emeletes épülete. Ezt még Csongrády Lajos rendezte be. 1932-ben már 694 tanulója volt az iskolának. A II. világháború befejezése után, új idegen nevelők kaptak megbízást a tanítás megindítására, amelynek hivatalosan szlovák nyelven kellett volna folynia. Ennek megvalósítása azonban lehetetlen volt, hiszen a tanulók közül senki sem tudott szlovákul. A községben csak 1950-ben nyílt meg újra a magyar tannyelvű Nemzeti Iskola, vele párhuzamosan pedig a szlovák iskola, az előbbibe 155, az utóbbiba 211 tanuló iratkozott be. 1960-ban a két iskolát egy intézménnyé vonták össze, ekkor 29 pedagógus 628 gyermeket nevelt. A szlovák és a magyar tanulók aránya már fordított volt (198:430). A következő tanévben az iskola háború utáni történetének legnagyobb tanulói létszámával dicsekedhetett: 660 diákja közül 198 a szlovák, 462 a magyar osztályokban tanult. A közös igazgatás 1965 őszéig tartott, a két iskola ekkor ismét különvált. 1981-től a szomszédos Bart községből is ide jártak a gyerekek, de 1990-ben ott is újraindult az oktatás. Az iskola 2003-ban vette fel a Csongrády Lajos kántortanító nevét. A 2015-16-os tanévben ünnepelte a magyar nyelvű oktatás újraindulásának 65. évfordulóját. Ennek tiszteletére lett átadva a „Történelmi lépcsőház”, melynek segítségével végigkövethető a magyar történelem a honfoglalástól egészen az Európai Unióhoz való csatlakozásig.
A 60-80-as évekből ide kívánkozik még néhány jelentősebb építkezés, mint például a futballpálya (1962), az akácosi csárda és szabadtéri színpad (1966/67), a strand (1968, de később vízhiány miatt bezárták), a Jednota üzletház és a fűrésztelep (1969), a kultúrház (1978), a napközi otthon (1982), a szolgáltatások háza (1985), a gyógyszertárat is magában foglaló egészségügyi központ (1987), valamint a tornaterem (1989). 1991-ben megalakult a községi rendőrség is. A gázvezeték 1992-ben ért ide, a helyi hálózat kiépítése két évvel később fejeződött be. 1994 decemberében nyílt meg az új, korszerű bevásárlóközpont, ahová később a postát is átköltöztették.
Forrás: http://www.svodin.sk/hu/
